【2026年】医療費控除とセルフメディケーション税制の違いと選び方

公開 2026-11-07最終確認 2026-11-07まちの医療ナビ編集部

1年間に払った医療費が10万円（総所得金額等が200万円未満の人は総所得金額等の5％）を超えたら、確定申告で医療費控除を受けられます。医療費がそこまでいかなくても、健診などを受けていて対象の市販薬を年1万2,000円を超えて買った人は、セルフメディケーション税制を選べます。2つはどちらか一方しか使えないので、両方で計算して控除額が大きい方を選ぶのが基本です。

この記事は国税庁・厚生労働省の公表資料にもとづく一般的な説明です。個別の判断は税務署や税理士に確認してください。

2つの制度の違いを表で比べる

どちらも、実際に払った額から保険金などで補てんされた額を引いてから計算します。対象はその年の1月1日から12月31日までに支払ったものです。未払いの医療費は、実際に払った年の対象になります。

医療費控除の計算と対象になる費用

計算式は次のとおりです。

（支払った医療費 − 保険金などで補てんされる額）− 10万円 ＝ 医療費控除額（上限200万円）

総所得金額等が200万円未満の人は、10万円の代わりに総所得金額等の5％を差し引きます。なお、保険金などは、その給付の目的になった医療費の額を限度に差し引きます。引ききれない分をほかの医療費から差し引くことはありません。

国税庁が示している主な対象・対象外の例です。

休日・夜間の受診でついた加算や、紹介状なしで大病院にかかったときの特別の料金が対象になるかどうかは、この記事では確認できた資料がないため扱いません。迷う費用は税務署に確認してください。

セルフメディケーション税制のしくみ

対象になるのは、医療用から転用された市販薬（スイッチOTC医薬品）などの「特定一般用医薬品等」です。対象商品は領収書などにその旨が表示され、一部の商品のパッケージには共通の識別マークが付いています。厚生労働省は対象品目一覧を公開し、毎月更新しています。

計算式は次のとおりです。

（対象の市販薬の購入費 − 保険金などで補てんされる額）− 1万2,000円 ＝ 控除額（上限8万8,000円）

利用するには、申告する本人がその年に次のような「一定の取組」をしている必要があります。家族の取組は問われません。

• 健康保険組合や市区町村国保などが行う健康診査（人間ドック、各種健診など）
• 勤務先の定期健康診断
• 特定健康診査・特定保健指導
• 予防接種（定期接種、インフルエンザワクチン）
• 市区町村の健康増進事業によるがん検診 など

人間ドックや予防接種など、取組そのものにかかった費用は控除の対象外です。

2027年からどう変わる？令和8年度税制改正

セルフメディケーション税制は、もともと2026年（令和8年）末までの時限措置でした。厚生労働省の事務連絡（令和8年8月7日）によると、令和8年度税制改正で次のように見直され、新しい対象医薬品の範囲は2027年1月1日から適用されます。

• スイッチOTC医薬品：適用期限を撤廃（恒久化）
• それ以外の対象医薬品：適用期限を2031年（令和13年）12月31日まで5年延長
• 対象の追加：胃腸薬・整腸薬・痔の薬などの消化器官用薬、生薬を含むせき止め・たん切りの薬（ニコチン含有製剤を除く）、一部の検査薬（一般用の黄体形成ホルモンキット、新型コロナウイルス抗原キット、新型コロナ・インフルエンザ抗原キット）、薬局でつくる薬（薬局製造販売医薬品）のうち対象と同じ有効成分を含むもの
• 対象から除外：痩身・美容目的で使われるものとして、防風通聖散・大柴胡湯にもとづく医薬品（防風通聖散は2030年12月31日まで経過措置あり）

見直し後の範囲が適用されるのは2027年1月1日からです。2026年中に買った薬が対象かどうかは、領収書の表示や厚生労働省の対象品目一覧で確かめてください。

申告の手続きと注意点

どちらの制度も、控除に関する事項を書いた確定申告書を税務署に提出して受けます。

• 医療費控除：領収書をもとに「医療費控除の明細書」を作り、確定申告書に添付します。医療保険者から届く医療費通知を添付すると、明細書の記載を簡単にできます。
• セルフメディケーション税制：「セルフメディケーション税制の明細書」を添付します。取組をしたことを示す書類は、氏名や取組を行った年などが書かれたものに限られます。
• 書類の保管：医療費控除では、確定申告期限などから5年を経過する日まで、税務署から領収書の提示や提出を求められることがあります。セルフメディケーション税制でも、取組の書類を5年間保管するよう求められています。

一度どちらかを選んで申告すると、あとから更正の請求や修正申告で別の制度に切り替えることはできません。両方で計算してから選んでください。

当サイトでは、全国の病院・クリニックを診療科や土曜・夜間の診療の有無から探せます。税金の扱いで迷うときは、所轄の税務署や税理士に相談してください。

あわせて使えるページ

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参考にした資料

• 国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」
• 国税庁「No.1122 医療費控除の対象となる医療費」
• 国税庁「No.1129 特定一般用医薬品等購入費を支払ったとき（医療費控除の特例）」
• 厚生労働省「セルフメディケーション税制（特定の医薬品購入額の所得控除制度）について」
• 財務省掲載「令和8年度税制改正要望事項（厚生労働省）セルフメディケーション推進のための医療費控除の特例措置の拡充」
• 厚生労働省医政局医薬産業振興企画課「令和8年度税制改正によるセルフメディケーション税制対象医薬品の届出等について（令和8年8月7日 事務連絡、山梨県掲載）」

内容は2026年11月7日時点で上記の資料をもとに確認しています。制度は変わることがあるため、手続きの前に公式の情報を確認してください。

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